این پژوهشکده از سال 1382 با عنوان گروه اخلاق و تربیت فعالیتش را آغاز کرد و در سال 1386 با ظرفیت دو گروه پژوهشی و نام مرکز اخلاق و تربیت به فعالیتهای خود ادامه داد. از ابتدای سال 96 با تصویب گروه اسلام و مطالعات معنویت، پژوهشکده اخلاق و معنویت دور جدید فعالیت خود را آغاز کرده است. اهتمام به تولید تفکر اخلاقی بر اساس مبانی اسلامی، استخراج نظام اخلاقی ـ تربیتی اسلام و تهیه پاسخ‏های متقن برای پرسش‏های نوپدید در حوزه اخلاق، تربیت و معنویت اهدافی است که پژوهشکده اخلاق و معنویت در جهت رسیدن به آنها تشکیل شد.